日本では通常の西洋医学による医療は健康保険でまかなわれるが、代替医療の大部分は健康保険が適用されない。統合医療は西洋医学と代替医療の併用を行うため、保険診療と自由診療（保険外診療）を併用する混合診療となる。
2006年9月現在、混合診療は禁止されている。このため、自由診療が少しでも含まれる診療は全額が非保険扱いになるという問題がある。
鳩山由紀夫首相は2010年1月29日の施政方針演説で「統合医療の積極的な推進の検討」を表明した。
これをうけて厚生労働省は、統合医療への保険適用や資格制度の導入を視野に、2月5日に統合医療プロジェクトチームを発足させた。プロジェクトチームは統合医療の研究がさかんなアメリカの国立衛生研究所のジャンル分けを参考に、中国医学やアーユルベーダ、ユナニ、断食療法、瞑想、磁気療法、オゾン療法、気功といった統合医療の日本国内での実態把握をはじめることにしている
